臨床實驗室用水應依照相應的水質標準，其中zui相關的是美國臨床實驗室標準研究所(CLSI)標準中的I型純水，美國、日本、歐洲的藥典也是很常用的標準。臨床分析儀供水或在任何制備和分析程序中的用水，都應使用結合多種純化技術制成的高品質純水。實驗室超純水機應運而生。

臨床分析儀用水純度要求應依據分析儀制造商的設置而定，但通常電阻率應大于10MΩ.cm@25℃,TOC小于50ppb以及細菌水平小于5CFU/ml。不同的實驗目的靈敏度要求也不同，它決定了試劑制備或稀釋用純水的等級。對很多普通化學應用，靈敏度不是首要因素，實驗室Ⅱ級純水就已經具備了足夠好的純度。在此基礎上結合去離子技術就可得到很低離子含量的超純水，結合UV燈、過濾和循環管路等手段，還可以很好地控制有機物和微生物水平。先進的現代分析儀器不斷提升分析的靈敏度。痕量元素現在通過使用諸如ICP-MS技術，可測定在ppt和亞ppt水平的物質。